À la suite d'un travail méthodologique, des chercheurs de notre laboratoire, en collaboration avec le l'équipe EDyP du laboratoire Biologie à Grande Échelle de notre institut, différentes méthodes d'extraction et de précipitation de protéines solubles provenant de cellules d'Arabidopsis thaliana en culture liquide compatibles avec une séparation par électrophorèse bidimensionnelle.

Un protocole a donné une bonne résolution et reproductibilité et un nombre élevé de spots (~ 1800 spots/gel). À partir de suspensions cellulaires d'Arabidopsis thaliana cultivées dans deux milieux de cultures (Gambord et Murashige & Skoog), trois ou quatre gels 2-D indépendants ont été quantifiés afin d'évaluer la variabilité et de sélectionner un jeu de spots hautement reproductible. L'identification des protéines majeures par spectrométrie de masse (MALDI-TOF-MS ou ES-MS-MS) a permis de réaliser la cartographie du protéome soluble d'Arabidopsis thaliana dans les deux milieux de cultures et de mettre en évidence l'influence du milieu de culture sur l'expression de protéines notamment impliquées dans le métabolisme de l'azote et du soufre.

Ce travail constitue une étape importante pour de futures études protéomiques concernant la réponse d'Arabidopsis thaliana à des stress biotiques et abiotiques.