Thèse soutenue le 04 janvier 2006 pour obtenir le grade de Docteur de l'Université Joseph Fourier de Grenoble I - Discipline : Biologie
Résumé :
La Thréonine syntase (TS) et l'Aspartate kinase (AK) sont deux enzymes allostériques impliquées dans la voie de synthèse des acides aminés dérivés de l'aspartate. Deux isoformes de TS et trois isoformes d'AK, présentes chez
Arabidopsis thaliana, ont été clonées et étudiées au laboratoire. La caractérisation de ces enzymes a mis en évidence, pour les deux TS et pour une isoforme d'AK (AK 1), une sensibilité à la S-adénosylméthionine spécifique aux plantes. Alors que l'activité TS est stimulée par la SAM, l'inhibition de l'activité AK 1 est inhibée par la lysine et la SAM en synergie. Afin d'observer au niveau moléculaire le contrôle de ces activités enzymatiques et de mieux comprendre les différences de sensibilité entre les plantes et les microorganismes, une étude structurale de ces deux enzymes a été entreprise.
La résolution de la structure de la TS d'Arabidopsis thaliana en présence de son cofacteur, le pyridoxal phosphate (PLP), a permis de mettre en évidence une position non classique du PLP pour une enzyme dépendante du PLP de type II, rendant compte de la faible activité et de la faible affinité de la TS pour son substrat en absence d'activateur. La résolution de la structure de la TS en présence de PLP et de SAM a montré que la fixation de l'activateur induit des changements de conformation asymétriques du dimère de TS conduisant à l'activation d'un seul monomère.
La structure de l'AK 1, résolue par la méthode MAD, révèle pour la première fois l'organisation structurale d'une Aspartate kinase. Cette enzyme composée d'un domaine catalytique et d'un domaine régulateur de type ACT, présente un mode d'organisation nouveau pour une enzyme possédant des motifs ACT. L'AK 1 ayant été cristallisée en présence de lysine et de SAM, cette structure présente la forme inhibée de l'enzyme.
Jury :
Président : Pr Roland Douce
Rapporteur : Pr Joël Janin
Rapporteur : Dr Richard Haser
Examinatrice : Dr Valérie Biou
Examinatrice : Pr Eva Pebay-Peyroula
Examinateur : Dr Renaud Dumas
Directeur de thèse : Dr Renaud Dumas
Co-direction : Dr Valérie Biou
Mots-clés :
Thréonine syntase, Aspartate kinase,
Arabidopsis thaliana, domaine régulateur de type ACT, S-Adénosylméthionine, allostérie